Le 10 mai 1940, les troupes allemandes envahissent le territoire luxembourgeois.
Le Conseil d'Etat continue de siéger jusqu'à ce que le Gauleiter Gustav Simon décide sa dissolution en octobre 1940.
En septembre 1944, les membres du Gouvernement qui s'étaient retirés à l'étranger lors de l'invasion allemande rentrent au pays et reprennent leurs fonctions. La Grande-Duchesse Charlotte est accueillie par le peuple luxembourgeois en liesse, le 14 avril 1945, après quatre années d'exil.
Même si les institutions existant avant l'invasion reprennent leurs activités, le Conseil d'Etat est dissout le 16 novembre 1945 par arrêté grand-ducal au motif que sa composition "ne correspond plus aux exigences de la situation actuelle". Seulement quatre conseillers d'Etat sur les douze ayant siégé au Conseil d'Etat avant la Guerre obtiennent une nouvelle nomination.
La première séance plénière du Conseil d'Etat après la Libération se tient le 18 décembre 1945.